Sites ou Produtos?
A maioria das agencias de web hoje tem como fonte de renda campanhas on-line para empresas, algumas agencias menores fazem sites para empresa de pequeno e médio porte, outras ainda tentam fazer um pouco de tudo, são aquelas empresas que estão se encontrando no mercado, fazendo serviços impressos, de web e de marketing, mas que ainda não tem um foco, muito menos uma receita satisfatória. E há outro tipo de agencia, aquela que desenvolve produtos (como um amigo diz, não passa de um software on-line que os gerentês chamam de produto).
Agora falando somente de empresas mais focadas, vejamos as agencias que desenvolve campanhas e as de produtos. Tudo bem que são coisas distintas, mas isso vai servir para analisarmos alguns fatores.
Sites
Fazer site é simples, você precisa de profissionais contados, às vezes um só dá conta de toda a demanda da empresa, mas quando consiste em sites coorporativos pequenos e com sistemas simples (se houver). Normalmente, uma empresa assim tem um limite de renda, mas se quiser aumentar terá que subir a demanda de clientes, que por sua vez precisará de mais profissionais.
Portanto há um limite aí, uma cerca que impede os saltos da empresa, não impedindo que ela cresça.
Produtos
Para montar um produto você precisa de alguns programadores, dependendo da complexidade e do tempo estimado para a conclusão, a quantidade de programadores pode aumentar consideravelmente. Talvez você não precise de muitos designers, às vezes dois basta, mas programador é inevitável.
Depois vai precisar de um comercial e pronto, tudo que você tinha que investir já passou, agora é só fazer as pessoas conhecerem o produto e a empresa começar a vender. Após tudo isso, não precisará mais de tantos programadores, apenas alguns para manter o produto e ir dando upgrade na plataforma.
O limite é incontável, pois a idéia é que o produto se auto-sustente, pagando desenvolvedores, designers, comercial e o que mais precisar. Sendo assim, a empresa não terá mais gasto algum. O produto irá se manter e ainda fomentar o lucro da empresa.
Muitas empresas estão caminhando para os dois lados, dividindo-se em núcleos: Produtos e Projetos, o que não é uma má idéia. 
Acredito que nenhuma dessas opções são ruins, basta a empresa focar em um objetivo e trabalhar, especializar-se e trabalhar, aprimorar-se e trabalhar. E por aí vai.
